Boros Gergely a Zooplankton és Interakció Ökológiai Kutatócsoport vezetője, tudományos főmunkatársa. A Kutatócsoport feladata a balatoni zooplankton állomány összetételének, mennyiségi viszonyainak, térbeli heterogenitásának és szezonális dinamikájának vizsgálata, monitorozása. A Kutatócsoporthoz tartozik a BLKI területén kialakított mezokozmosz rendszer, melyet 12 darab kültéri tartály alkot (mezokozmosz: a természetben zajló folyamatok kontrollált körülmények között történő megfigyelésére alkalmas kísérleti berendezés).
A rendszer segítségével a kutatók olyan ökológiai jelenségeket vizsgálhatnak/modellezhetnek szabályozott körülmények között, mint például a globális klímaváltozás vízi élőlényközösségekre gyakorolt hatása, vagy az algásodást előidéző környezeti tényezők.
Boros Gergely kutatási területei közé tartoznak a tápanyagok áramlása vízi ökoszisztémákban, a halak szerepe vizeink szén, nitrogén és foszfor ciklusában, ökológiai sztöchiometria, trofikus interakciók, a sekély tavak biomanipulációja, a betelepített, szűrő táplálkozású halfajok ökológiai hatásai és mezokozmosz kísérletek.